Tom è costretto a passare te vacanze estive dagli zii: suo fratello Peter è malato di morbillo e deve stare in quarantena. Gli si prospettano interminabili giorni di noia e solitudine: gli zii abitano in un piccolissimo appartamento senza giardino. Tom è ormai rassegnato al suo destino quando una notte, nel silenzio della casa, sente l'antica pendola dell'ingresso battere la tredicesima ora. Tom scende al piano inferiore per vedere quel bizzarro orologio, ma viene attratto dalla porta sul retro. Lì, di fronte a lui, si apre un immenso, magico giardino, laddove di giorno si trova soltanto uno squallido cortile pieno di bidoni dell'immondizia. Il giardino di mezzanotte è magnifico, rigoglioso e pieno di piante, profumi, animali, nascondigli da costruire e alberi da scalare, insieme a Hatty, una bambina vittoriana coraggiosa e indipendente, Tom vivrà mille incredibili avventure, per arrivare infine a risolvere il mistero che avvolge il giardino e la sua compagna di giochi